有機(jī)肥主要來源于植物和（或）動物施于土壤以提供植物營養(yǎng)為其主要功能的含碳物料。經(jīng)生物物質(zhì)、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質(zhì)，富含大量有益物質(zhì)。
有機(jī)肥它包括：多種有機(jī)物質(zhì)、肽類以及包括氮、磷、鉀在內(nèi)的豐富的營養(yǎng)元素。不僅能為農(nóng)作物提供全面營養(yǎng)，而且肥效長，可增加和更新土壤有機(jī)質(zhì)，促進(jìn)微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養(yǎng)分。
廣義上的有機(jī)肥：俗稱農(nóng)家肥，包括以各種動物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等。
生物菌肥（微生物肥料）是以微生物的生命活動導(dǎo)致作物得到特定肥料效應(yīng)的一種制品，是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中使用肥料的一種。其在我國已有近50年的歷史，從根瘤菌劑--細(xì)菌肥料--微生物肥料，從名稱上的演變已說明我國微生物肥料逐步發(fā)展的過程。 長期以來，社會上對微生物肥料的看法存在一些誤解和偏見。
一種看法認(rèn)為它肥效很高，把它當(dāng)成肥料，甚至揚言可以完全取代化肥；
另一種看法則認(rèn)為它根本不是肥料。
其實這兩種都是偏見。國內(nèi)外多年試驗證明，用根瘤菌接種大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，確實有增產(chǎn)效果，合理應(yīng)用其它菌肥拌種或施用微生物肥料，對非豆科農(nóng)作物也有增產(chǎn)效果，而且有化肥達(dá)不到的效果。因此，我們認(rèn)為它是肥料，又與傳統(tǒng)化肥和有機(jī)肥在概念和內(nèi)涵上不同。
微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動來完成。
只有當(dāng)這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質(zhì)轉(zhuǎn)化和有益代謝產(chǎn)物才能不斷形成。
因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎(chǔ)，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎(chǔ)。正因為微生物肥料是活制劑，所以其肥效與活菌數(shù)量、強(qiáng)度及周圍環(huán)境條件密切相關(guān)，包括溫度、水分、酸堿度、營養(yǎng)條件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影響，因此在應(yīng)用時要加以注意。
作為化肥的替代品，有機(jī)肥與生物菌肥是有機(jī)農(nóng)業(yè)和綠色農(nóng)業(yè)的基礎(chǔ)之一，由于兩者各有不足，目前已經(jīng)出現(xiàn)并迅速推廣一種兼有兩者優(yōu)點的肥料--生物有機(jī)肥：
生物有機(jī)肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來源并經(jīng)化處理、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。
生物有機(jī)肥的優(yōu)點：
1、生物有機(jī)肥與化肥相比：
1） 生物有機(jī)肥營養(yǎng)元素齊全；化肥營養(yǎng)元素只有一種或幾種。
2） 生物有機(jī)肥能夠改良土壤；化肥經(jīng)常使用會造成土壤板結(jié)。
3） 生物有機(jī)肥能提高產(chǎn)品品質(zhì)；化肥施用過多導(dǎo)致產(chǎn)品品質(zhì)低劣。
4） 生物有機(jī)肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發(fā)生病蟲害。
5） 生物有機(jī)肥能促進(jìn)化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單獨使用易造成養(yǎng)分的固定和流失。
2、生物有機(jī)肥與精制有機(jī)肥相比：
精制有機(jī)肥是畜禽糞便經(jīng)過烘干、粉碎后包裝出售的商品有機(jī)肥。
1）生物有機(jī)肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機(jī)肥未經(jīng)腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，會引起燒苗現(xiàn)象。
2）生物有機(jī)肥經(jīng)高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發(fā)生；精制有機(jī)肥未經(jīng)腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。
3）生物有機(jī)肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應(yīng)，減少病害發(fā)生；精制有機(jī)肥由于高溫烘干，殺死了里面的全部微生物。
4）生物有機(jī)肥養(yǎng)分含量高；精制有機(jī)肥由于高溫處理，造成了養(yǎng)分損失。
5）生物有機(jī)肥經(jīng)除臭，氣味輕，幾乎無臭；精制有機(jī)肥未經(jīng)除臭，返潮即出現(xiàn)惡臭。
3、生物有機(jī)肥與農(nóng)家肥（傳統(tǒng)有機(jī)肥）的區(qū)別：
1）生物有機(jī)肥完全腐熟，蟲卵死亡率達(dá)到95%以上；農(nóng)家肥堆放簡單，蟲卵死亡率低。
2）生物有機(jī)肥無臭；農(nóng)家肥有惡臭。
3）生物有機(jī)肥施用方便，均勻；農(nóng)家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4、生物有機(jī)肥與生物菌肥的區(qū)別：
1）生物有機(jī)肥價格便宜，每噸在1000多元左右；生物菌肥價格昂貴，每噸上萬元。
2）生物有機(jī)肥含有功能菌和有機(jī)質(zhì)，能改良土壤促進(jìn)被土壤固定養(yǎng)分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進(jìn)土壤固定肥料的利用。 3）生物有機(jī)肥的有機(jī)質(zhì)本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有的土壤環(huán)境。