（1）有機(jī)肥所含養(yǎng)分作用有限。有機(jī)肥料所含養(yǎng)分種類較多，與養(yǎng)分單一的化肥相比是優(yōu)點，但是它所含養(yǎng)分太低，不能滿足作物高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)的需要。所以應(yīng)該搭配部分化肥使用！
（2）有機(jī)肥分解較慢，肥效較遲。有機(jī)肥雖然營養(yǎng)元素含量全，但含量較低，且在土壤中分解較慢，在有機(jī)肥用量不是很大的情況下，很難滿足農(nóng)作物對營養(yǎng)元素的需要。
（3）有機(jī)肥需經(jīng)過發(fā)酵處理。許多有機(jī)肥料帶有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機(jī)肥料中有不利于作物生長的有機(jī)化合物，所以均應(yīng)經(jīng)過堆漚發(fā)酵、加工處理后才能施用，生糞不能下地。